Czasopismo jest rocznikiem, wydawanym od 1999 roku przez Polską Akademię Umiejętności.
Od 1999 roku do 2007 roku było ono publikowane pod nazwą Prace Komisji Historii Nauki Polskiej Akademii Umiejętności, a następnie od 2009 roku do 2015 roku – pod nazwą Prace Komisji Historii Nauki PAU.
Do 2012 roku ukazywało się w wersji papierowej, a od 2013 roku – w wersji elektronicznej i papierowej.
W 2014 roku czasopismo stało się pierwszym w Polsce recenzowanym czasopismem otwartego dostępu poświęconym historii nauki. Od tego też roku jest ono wydawane na zasadach licencji Creative Commons.
Na mocy postanowienia Sądu Okręgowego w Krakowie Wydział I Cywilny (Sygn. akt Ns Rej. Pr. 115/16) z dnia 4 lipca 2016 r. nastąpiła zmiana nazwy czasopisma na: Studia Historiae Scientiarum.
Uwaga:
Historycznym poprzednikiem naszego czasopisma są Prace Komisji Historii Medycyny i Nauk Matematyczno-Przyrodniczych Polskiej Akademii Umiejętności, które ukazywały się nieregularnie w latach 1939 (t. 1), 1949 (t. 2; t. 3.1; t. 3.2), 1950 (t. 3.3), 1952 (t. 4.1; t. 4.2) i 1953 (t. 3.4) [wyd. po działalności PAU].
