Misją czasopisma jest realizacja idei „Nauka w trosce o dobrostan zwierząt”. Czasopismo stanowi kluczowe narzędzie Fundacji dr Seidla w zakresie propagowania zasad mądrego współistnienia ludzi i zwierząt oraz budowania pomostu między rzetelną wiedzą naukową a praktyką opieki nad zwierzętami.

• Wspieranie rozwoju i upowszechnianie wiedzy
  Głównym celem jest wspieranie rozwoju wiedzy z zakresu dobrostanu, pielęgnacji, behawioru oraz dietetyki zwierząt towarzyszących oraz dbanie o jej jak najszersze upowszechnianie w środowisku naukowym i społecznym.
  
  
• Wysoka jakość naukowa
  Redakcja kładzie nacisk na utrzymanie wysokiego poziomu merytorycznego publikowanych treści poprzez rygorystyczny nadzór nad procesem wydawniczym oraz systematyczną ocenę nadesłanych prac (desk review).
  
  
• Transparentność i etyka
  Kluczowym celem jest zapewnienie najwyższych standardów etyki publikacyjnej (zgodnie z wytycznymi COPE), przeciwdziałanie plagiatom oraz dbałość o transparentność procesu recenzyjnego w modelu double-blind peer review. 
  
  
• Umiędzynarodowienie
  Czasopismo dąży do zwiększenia swojego zasięgu poza granice kraju poprzez pozyskiwanie autorów i recenzentów z zagranicy oraz publikację tekstów w języku angielskim.
  
  
• Integracja środowiska naukowego
  PJAW ma służyć jako platforma wymiany informacji pomiędzy krajowymi i zagranicznymi ośrodkami naukowymi zajmującymi się tematyką zwierząt towarzyszących.
  
  
• Wspieranie młodych naukowców
  Redakcja stawia sobie za cel merytoryczne wsparcie autorów (zwłaszcza mniej doświadczonych) w dostosowywaniu ich tekstów do najwyższych standardów naukowych i edytorskich.

Czasopismo dąży do ciągłego podnoszenia swojej rangi naukowej poprzez monitorowanie pozycji w międzynarodowych bazach indeksujących (takich jak Scopus czy Web of Science) oraz analizę statystyk cytowalności.